A Unidade de Investigação FP-ENAS é parte da Fundação Fernando Pessoa (FECFP), proprietária da Universidade Fernando Pessoa, e é gerida por um Coordenador Geral nomeado pelo Presidente da FECFP.
Tendo em vista o desenvolvimento da Investigação e a boa administração, a Unidade organiza-se em Grupos de Investigação (3 ERL - Energy, Environment and Environmental & Public Health Research Laboratories; e CEBIMED - Biomedical Research Centre), cada um dirigido por um Coordenador, eleito entre os Investigadores , e pode organizar-se em Domínios Temáticos de Investigação, cada um com um Responsável. A existência dos Domínios Linhas Temáticos de Investigação será reavaliada a cada ano, em função dos projetos de Investigação em curso e/ou planeados.
A gestão geral da unidade é da responsabilidade de um Conselho Coordenador cuja composição inclui o Coordenador Geral (presidente), os Coordenadores dos Grupos de Investigação, um Secretário Científico e um Secretário Administrativo.
O Conselho coordenador será assistido, sempre que requerido, por um Conselho Consultivo cuja composição é definida no Regulamento geral da FP-ENAS.
A gestão corrente de cada Grupo de Investigação é assegurada pela Comissão Executiva do Grupo de Investigação (composto pelo Coordenador do grupo e pelo coordenador de cada domínio temático) a qual utiliza os serviços de departamentos de Suporte da Universidade Fernando Pessoa (Manutenção de Laboratórios, Bibliotecas, Contabilidade, Informática, entre outros).
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